Кафедра прикладної математики була створена на фізико-математичному факультеті на основі кафедр математики та інформатики. Днем народження кафедри вважається 30 червня 2003 р. Проблема обговорювалась на двох спільних зборах кафедри математики та кафедри інформатики за участю проректора з науково-педагогічної роботи Олега Царенка. Відповідно до наказу за підписом ректора професора Валерія Радула було остаточно визначено – кафедрі прикладної математики бути.

Перше знайомство з інформатикою відбулося в нашому університеті в 1962 році, коли на фізико-математичному факультеті Ганжела Іван Пилипович організував читання спецкурсу «Програмування». Серед перших його слухачів були Алексєєва С.І., Починок Б.Д., який довгий час працював на кафедрі фізики, Ніколаєнко Т. В. та інші. На спецкурсі розглядалося операторне програмування та запис програм у машинних кодах.